A partir de 1706, con nueve años, estudió con Johann Sebastian Bach, quien fue organista en Arnstadt entre 1703 y 1707. Siguieron lecciones adicionales con Philipp Heinrich Erlebach y el organista de la corte Nicolaus Vetter en Rudolstadt. Se mudó a Weimar para seguir estudiando con Bach desde 1710 hasta 1715, tiempo durante el cual copió los dos livres d'orgue de Jacques Boyvin. Fue nombrado organista en Stadtilm en 1715, y se fue en mayo de 1721 para ocupar el antiguo puesto de organista de Bach en la corte de Weimar. Fracasó en dos solicitudes en 1729 para puestos de órgano en Nikolaikirche, Leipzig y Sts Peter und Paul, Görlitz, que fueron ocupados por los alumnos de Bach Johann Schneider y David Nicolai. Los jueces de Leipzig comentaron que "tocó demasiado rápido y confundió a la congregación"; esto no le impidió jactarse de su "velocidad de manos y pies" en la segunda aplicación.

Edición discográfica con obra de Johann Caspar Vogler

Fue seleccionado para el puesto de organista de la Marktkirche de Hannover en 1735, pero el duque de Weimar Ernst August le prohibió salir de Weimar, la misma prohibición que el duque Wilhelm Ernst había impuesto años antes a Bach. Sin embargo, se convirtió en teniente de alcalde de Weimar como consuelo y alcalde gobernante de Weimar dos años después. En 1744, el geógrafo y erudito Johann Gottfried Gregorii contó al organista de la corte, junto con Johann Sebastian Bach y otros estudiantes de Bach, entre los mejores organistas alemanes. Vogler luego trabajó en Weimar hasta su muerte a la edad de 66 años. Vogler fue copista de algunas de las obras de Bach e inicialmente figuraba como escritor Anónimo 18 en la investigación de Bach. De particular valor para la práctica de interpretación son las digitaciones completas contenidas en las copias, como el Preludio y Fughetta en Do Mayor BWV 870a.

Compuso una Pasión según San Marcos que ahora está perdida, al igual que sus otras piezas de música polifónica de iglesia que se pueden encontrar en catálogos del siglo XVIII. Se conservan cuatro arreglos corales y otra obra para órgano. Su escenario de “Jesu Leiden, Pein und Tod”, BWV Anh. 57 (inspirada en O Mensch, bewein dein Sünde groß, BWV 622, en el Orgelbüchlein de Bach) es una de las corales más elaboradamente decoradas de todo el repertorio, con la melodía coral adornada con hemidemisemicorcheas e incluso notas más cortas. Publicó los otros dos corales como “Vermischte musikalische Choral-Gedanken” (Weimar, 1737); son de un estilo similar a los corales “Arnstadt” de Bach con interludios expresivos e improvisados para un coral completamente armonizado; hay otras características que se asemejan a los corales “Leipzig” de Bach, BWV 651–668. Hay algunas copias de las composiciones de Bach de la mano de Vogler; anteriormente se le conocía en la literatura de Bach como 'Anónimo 18' antes de que se estableciera su identidad. La copia que hizo del “Preludio y Fughetta en Do mayor”, BWV 870a, se valora en los estudios de práctica interpretativa, por sus digitaciones escritas.

Compuso una Pasión según San Marcos que ahora está perdida, al igual que sus otras piezas de música polifónica de iglesia que se pueden encontrar en catálogos del siglo XVIII. Se conservan cuatro arreglos corales y otra obra para órgano. Su escenario de “Jesu Leiden, Pein und Tod”, BWV Anh. 57 (inspirada en O Mensch, bewein dein Sünde groß, BWV 622, en el Orgelbüchlein de Bach) es una de las corales más elaboradamente decoradas de todo el repertorio, con la melodía coral adornada con hemidemisemicorcheas e incluso notas más cortas. Publicó los otros dos corales que son de un estilo similar a los corales “Arnstadt” de Bach con interludios expresivos e improvisados para un coral completamente armonizado; hay otras características que se asemejan a los corales “Leipzig” de Bach, BWV 651–668. Hay algunas copias de las composiciones de Bach de la mano de Vogler; anteriormente se le conocía en la literatura de Bach como 'Anónimo 18' antes de que se estableciera su identidad. La copia que hizo del “Preludio y Fughetta en Do mayor”, BWV 870a, se valora en los estudios de práctica interpretativa, por sus digitaciones escrita